Okulumuz 1989-1990 Eğitim-Öğretim yılında kurulmuş olup, Yomra ilçesinde yer alan bu günkü okul binasında Trabzon Fen Lisesi olarak Eğitim Öğretim faaliyetlerine devam etmektedir..

1990-1991 Eğitim-Öğretim yılında öğrenci pansiyonunun hizmete açılmasıyla öğrencilerimizin barınma ve sosyal ihtiyaçları büyük ölçüde karşılanmıştır. 2001-2002 Eğitim-Öğretim yılının II. döneminde ilave hizmet ve pansiyon binası hizmet vermeye başlamıştır. Yeni pansiyon binamızın hizmete girmesiyle öğrencilerimiz 4 kişilik odalarda barınma imkanı bulmuştur.

Okulumuzun kurucu müdürü Necmettin Ali BULUTOĞLU olup bu görevini 2002-2003 Eğitim-Öğretim yılında emekli oluncaya kadar devam ettirmiştir.  2003-2005 yılları arasında  okul müdürlüğü görevini Müdür Başyardımcısı görevini yürüten M.Zeki DİKMEN, vekaleten yürütmüştür. 2005-2009 yılları arasında Muhsin ÇAVUŞOĞLU, 2009-2010 yılları arasında Zekeriya ABANOZOĞLU, 2010-2014 yılları arasında da Mehmet Zeki DİKMEN, 2014-2023 yılları arasında Ahmet Kadı KADIOĞLU müdür olarak görev yapmışlardır.  17.07.2024 tarihinden itibaren okul müdürlüğü görevini Yücel ŞAHİNBAŞ yürütmektedir.

Okulumuz öğrencilerinin süreçteki başarılarından bazıları şöyledir:

1996 ÖSS TÜRKİYE ŞAMPİYONLUĞU : Sistemli ve düzenli çalışmanın neticesinde okulumuz öğrencilerinden Murat KAYA 1996 Yılı ÖSS birincisi olarak sayısal,sözel ve eşit ağırlıklı puan dallarında TÜRKİYE ŞAMPİYONU olmuştur.

 2004 ÖSS TÜRKİYE 2. LİĞİ : 2004 Eğitim-öğretim yılında öğrencimiz Çağrı SARIGÖZ Sayısal Türkiye 2. si olmuştur. 

Kuruluşumuzdan bu güne kadar geçen süre içinde mezun olan öğrencilerimizin büyük bir bölümü istedikleri fakülte ve yüksek okullara girerek okulumuzu sadece Trabzon'un değil bütün Türkiye'nin en başarılı okullarından biri yaptılar.

Öğrencilerimizin katıldığı çeşitli yarışmalarda aldığı derecelerle okulumuz,her geçen gün başarısına yeni bir başarı eklemektedir.Kurulduğu ilk günden başlayarak hep en iyiyi ve daha ileriyi hedefleyen TRABZON YOMRA FEN LİSESİ öğrencilerinin aldığı dereceler azımsanmayacak çaptadır.